HyDRA Web
HyDRA Web est une application de génotypage du VIH comparative servant à déterminer la résistance aux médicaments contre le VIH à partir d’un ensemble de données sur le séquençage de nouvelle génération. Elle peut détecter les mutations jusqu’à une limite de 1 % au moyen d’un contrôle de la qualité précis, d’une cartographie de référence et de techniques d'assignation des variantes. Le logiciel Bowtie2 est utilisé pour le mappage de référence étant donné qu’il est hautement sensible, précis et le plus efficace relativement à nos données. Nous avons ciblé Illumina MiSEQ comme séquenceur, mais nous supportons aussi Roche 454. Le résultat principal de HyDRA est un rapport sur la résistance aux médicaments qui utilise la liste de mutations SDRM 2009 et les mutations figurant dans la base de données sur le VIH de Standford. Les analyses sont flexibles dans HyDRA Web puisque nous permettons à l’utilisateur final d’ajuster presque tous les paramètres.
HyDRA Web a été créé par l’Agence de la santé publique du Canada dans le cadre d’une initiative de recherche et de développement en génomique.
Références
Bowtie2 : http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
Mode d'emploi : PDF (English)
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